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又称柠檬酸缩合酶，在三羧酸循环第一步反应中，催化乙酰辅酶A的乙基与草酰乙酸的酮基结合生成柠檬酰辅酶A，以便后续高能硫酸键水解，释放出辅酶A，得到柠檬酸。柠檬酸合成酶是一个调控酶，此酶的底物乙酰辅酶A和草酰乙酸是它的激活剂，NADH、琥珀酰辅酶A是抑制剂。
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